Ziyaretçilerin çoğu, Lizbon Denizcilik Müzesi’nde yaklaşık 45–60 dakika geçiriyor; bu süre, gemi maketleri galerileri, seyir aletleri, Galliot Pavyonu ve kraliyet mavnaları gibi başlıca ilgi çekici noktaları gezmek için yeterli. Daha rahat ve ayrıntılı bir geziyi tercih ediyorsanız, Jerónimos kanadındaki galerileri, Uzak Doğu koleksiyonlarını ve denizcilik ile havacılık sergilerini acele etmeden keşfetmek için 1,5–2 saatlik bir zaman ayırın.
Müzede genellikle katı bir giriş saati kuralı uygulanmaz; ziyaretçiler kendi hızlarına göre gezebilirler, bu nedenle açılış saatleri içinde istediğiniz kadar kalabilirsiniz. Ancak, biletinizde sabit bir giriş saati belirtilmişse, bu genellikle sadece giriş saatini ifade eder; içeride kalacağınız süreyi değil. Daha kapsamlı bir deneyim yaşamak için, özellikle denizcilik tarihine ilgi duyuyorsanız ya da ziyaretinizi Jerónimos Manastırı, Belém Kulesi ve Pena Sarayı gibi yakındaki turistik yerlerle birleştirmek istiyorsanız, ziyaret sürenizi 2–3 saate kadar uzatabilirsiniz.