Prévoyez entre 45 minutes et 1 h 30. Vous en aurez terminé en environ 45 minutes si vous parcourez d'un bon pas les galeries de l'aile du monastère et si vous considérez le musée comme un complément à la visite de Belém. Il vous faudra plutôt près de 90 minutes si vous prenez le temps de bien lire les panneaux d'orientation et de flâner dans le pavillon Galliot, où sont exposées les barques royales et les avions.
Commencez par les galeries historiques de l'aile ouest et suivez l'ordre chronologique naturel du musée : le prince Henri, les maquettes de navires, les instruments de navigation, les appartements royaux et les collections de l'Extrême-Orient. Ensuite, continuez jusqu’à ce que vous arriviez au grand hall des navires. De nombreux visiteurs qui viennent pour la première fois s'arrêtent trop tôt et passent à côté de l'espace le plus spectaculaire du musée.
